集菌器的作用是检验供试品是否含菌的仪器，配套集菌培养器使用。主要用于注射用无菌制剂的无菌检测，包括抗生素类及含有抑菌成份的药品、大输液、水针剂、灭菌医疗器具、无菌注射用水等。
工作原理：
集菌器是集菌培养器的配套使用仪器，通过集菌仪的定向蠕动加压作用，供试品被过滤并在滤器内进行培养，以检验供试品是否含菌。
检测过程：
供试品通过进样管道连续被注入集菌培养器中，利用集菌培养器内形成的下压，通过0.45微米孔径的滤膜过滤，供试品中可能存在的微生物被截留收集在滤膜上，通过冲洗滤膜除去供试品的抑菌成分。然后把所需培养基通过进样管道直接注入集菌培养器中，放置规定的温度培养，观察是否有长菌现象。
集菌器的操作说明：
1.取出培养器先检查包装是否完好无损，在无菌室内打开塑料包装袋。
2.将培养器逐个插放在不锈钢座上。
3.将集菌培养器的弹性软管装入集菌仪泵头，要求定位准确，软管走势顺畅。
4.打开待检样品的瓶盖插针孔并消毒之，（若检测安瓿样品，先将安瓿颈部消毒，然后打开并将安瓿）样品瓶定位。
5.拔去进样双芯针管之护套，插入样品瓶中，开启集菌器，实施过滤集菌（应避免双芯针管进气，滤膜被药液浸湿，影响进气）。
6.完成集菌后，若样品含抑菌物质，按药典 规范要求适当用冲洗液清洗，清洗方法与集菌过程相同。
7.消毒培养基瓶插针孔处。
8.摘下顶部空气滤器开口的胶塞，套在培养器底口上，用软管夹子，依次开闭软管，开启集菌器，将培养基泵放入培养器内。
9.用夹片夹闭与培养器连接部的软管，留下5～6cm软管，剪除其余部分，并将开口端插在空气过滤器开口上。
10.分别按规定进行培养。
11.观察培养情况，若需取样分离培养，可将软管消毒，用无菌注。
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